過去100年來，西方的製藥工業大部分都以製造能阻斷受體的思維方式來開發藥物，發明的藥物有很多副作用。但只要仔細研究身體免疫系統中的嗜中性白血球(Neutrophil)，就可以明白我們身體抵禦細菌、病毒或有毒異物入侵所依靠的方法之一就是次氯酸(家用漂白水的有效成分)的氧化作用，而二氧化氯破壞病毒的機制也是氧化。[Ulfig, Agnes, and Lars I. Leichert. "The effects of neutrophil-generated hypochlorous acid and other hypohalous acids on host and pathogens." Cellular and Molecular Life Sciences (2020): 1-30.]

冠狀病毒屬於一種「包膜核糖核酸病毒(Enveloped RNA Virus)」，可以破壞身體多重器官。病毒的球狀包膜表面含棘突以黏附被傳染細胞的表面，然後本身的包膜再與被感染細胞表面的細胞膜融合，讓自己的基因體進入宿主細胞內， 利用宿主細胞複製自己的基因體。等複製許多相同的基因體離開宿主細胞時，再用宿主細胞膜分別包裹這些基因體，產生無數的徒子徒孫，這些再去傳染其他細胞。

棘突醣蛋白(spike glycoprotein)：在電子顯微鏡下看起來像是皇冠週圍的凸起裝飾的構造物。新冠病毒棘突負責抓住(或黏附)宿主(人類)細胞表面的血管收縮素轉化酶2 (angiotensin-converting enzyme II, ACE2)，然後溶解細包膜進入細胞內。

二氧化氯破壞病毒的作用機制，就是使病毒上的特定胺基酸失效，這些可以被二氧化氯異常快速解體的胺基酸，依反應時間快至慢排列依序為：半胱胺酸(cysteine)、酪胺酸(tyrosine)和色胺酸(tryptophan) [Napolitano, Michael J., David J. Stewart, and Dale W. Margerum. Table 3, "Chlorine Dioxide Oxidation of Guanosine 5 ‘-Monophosphate." Chemical research in toxicology 19.11 (2006): 1451-1458.]。縱使在非常低濃度的二氧化氯(劑量低至0.1 mg/L)仍有效 [Kály-Kullai, K., et al. "Can chlorine dioxide prevent the spreading of coronavirus or other viral infections? Medical hypotheses." Physiology International 107.1 (2020): 1-11.]。

以上所述的病毒結構成分，都包含二氧化氯最容易破壞的蛋白質氨基酸。新冠病毒用以抓住宿主細胞的秘密武器 – 棘觸(spike)，其構成的蛋白質含有54個酪胺酸(tyrosine)，12個色胺酸(tryptophan)和40個半胱胺酸(cysteine) [Kály-Kullai, K., et al. "Can chlorine dioxide prevent the spreading of coronavirus or other viral infections? Medical hypotheses." Physiology International 107.1 (2020): 1-11. “Genome-wide structure and function modeling of SARS-COV-2”, Department of Computational Medicine and Bioinformatics, Department of Biological Chemistry, Medical School, University of Michigan, https://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/, https://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/COVID-19/.]，所以二氧化氯首先就是非常快速地破壞其棘觸的這些胺基酸，使其馬上失效。故CDS氧化突起蛋白，首先使黏附宿主細胞的功能迅速失效；然後氧化包膜蛋白，使病毒結構變得不穩定；再來破壞蛋白殼，最後進而破壞內部的核糖核酸。這是一連串的連鎖反應，快速而暴力，一氣呵成。針對其他種類病毒的破壞機制大致一樣。因為病毒的體積比人體細胞小的非常非常多，而且作用在病毒上的速度非常快，所以只要精確地控制劑量，對病毒可造成快速破壞，但對人體細胞卻是安全的。